EuroBioC2025 회의 요약

EuroBioC2025 회의 개요 유럽 Bioconductor 회의 2025 (EuroBioC2025)는 2025년 9월 17일부터 19일까지 개최되었으며, Barcelona Biomedical Research Park (PRBB)에서 Universitat Pompeu Fabra (MELIS-UPF) 의학 및 생명과학 부서와 Barcelona Institute for Global Health (ISGlobal)에 의해 주최되었습니다. 카탈루냐의 수도인 바르셀로나는 풍부한 문화와 활기찬 분위기, 예술·역사·지중해 에너지의 조화가 돋보이는 도시로, EuroBioC 2025의 편안하고 학습에 적합한 배경을 제공했습니다. 이 회의는 전 세계 170명의 참가자가 Bioconductor 소프트웨어 패키지 및 계산 생물학에 영향을 미치는 신흥 기술의 최신 개발을 선보이는 장이었으며, 아래 지도는 각국별 참가자 비율을 보여줍니다. 프리컨퍼런스 EuroBioC2025는 회의 전 Bulk RNA-seq와 Single-cell RNA-seq 분석을 주제로 한 Bioconductor Carpentry 워크숍 두 개를 개최했습니다. 9월 15일과 16일에 각각 약 20명의 참가자와 함께 진행되었습니다. Bulk RNA-seq 모듈은 Estefania Mancini, Vasileios Panagoitis Lenis, Jacques Serizay가 가르쳤습니다. Single-cell RNA-seq 워크숍은 Robert Ivánek, Mireia Ramos, Kevin Rue-Albrecht가 진행했습니다. 각 워크숍은 실시간 코딩과 짧은 이론적 설명을 결합했으며, 참가자들의 피드백은 매우 긍정적이었습니다. "강사들이 제공한 실습 경험은 스스로 자료를 학습할 때 얻기 어려운 것"이라며, "이론과 결과 해설이 포함된 자료가 특히 유용"이라고 언급한 참가자도 있었습니다. Single-cell RNA-seq 워크숍 참가자는 "scRNA-seq 분석에 대한 포괄적 개요를 제공한 강의"를 높이 평가하였으며, "다양한 단계가 명확히 제시되고, 유사한 타임라인을 사용해 주요 세부 정보를 강조해 주었다"라고 전했습니다. 이는 "이러한 분석을 수행하기 위한 표준 프레임워크를 제공"한다고 평가되었습니다. Bulk RNA-seq 모듈 참가자는 "잘 준비된 자료"와 "매우 좋은 강사"를 칭찬했고, "많은 유용한 팁을 제공해 주었다"며, "콘텐츠가 향후 참고에 가치 있다"고 평가했습니다. 전체적으로, 대부분의 참가자는 워크숍을 "매우 좋음" 또는 "우수"라고 평가했으며, "잘 조직되고 따라하기 쉽다"는 점과 "Bioconductor 사용에 대한 자신감과 기술력이 향상된 놀라운 학습 경험이었다"고 표현했습니다. 프로그램 개요 EuroBioC2025는 과학적 탁월성, 커뮤니티 교류 및 실무 교육을 균형 있게 조화시킨 3일 프로그램을 제공했습니다. 주요 내용은 선도 연구자들의 기조연설, 새로운 Bioconductor 패키지 및 메서드를 소개하는 짧은 토크, 그리고 참가자들의 기술적 역량을 심화하는 실습 워크숍이 포함되었습니다. 첫날 오프닝 기조연설인 Vince Carey는 "25년의 Bioconductor: 유전체 데이터 과학을 위한 통합 생태계"를 주제로 Bioconductor가 성장해 온 과정과 재현 가능한 연구에 미친 핵심적 역할을 회고했습니다. 다음과 같은 기조연설자들이 최신 주제를 탐구했습니다. Helena Crowell (CNAG) – “전체 전사체 이미지를 통한 대장암 연구” Susan Holmes (Stanford) – “불균형을 위한 잠재 변수: 통계적 접근” James Sharpe (EMBL Barcelona) – “C3PO: 광학 인코딩을 활용한 3D 세포 위치 지정 및 공간 전사체 적용” Noelia Ferruz (CRG) – “언어 모델을 활용한 제어 가능한 단백질 디자인” Jacques Serizay (Pasteur) – “커뮤니티 기반 유연한 소프트웨어로 유전체 연구 강화” 짧은 토크 EuroBioC2025는 다중오믹스, 공간 생물학, 단일세포 생물학 등에서 새로운 계산 도구와 메서드를 소개하는 활기찬 짧은 토크 세션을 진행했습니다. 주제는 다중오믹스 통합 프레임워크와 전사인자 활동에 대한 확률 모델, edgeR과 같은 널리 사용되는 패키지의 개선 사항, ELIXIR과의 새로운 상호운용성 이니셔티브까지 다양했습니다. 또한 질량분석, 마이크로바이옴 및 공간 데이터 분석용 신흥 소프트웨어를 소개하며, 데이터 기반 생물학에서 커뮤니티의 지속적인 혁신을 보여주었습니다. 워크숍 워크숍 세션은 최신 Bioconductor 도구를 워크숍 클라우드 플랫폼에 설치해 참가자들이 소프트웨어 설치 시간을 줄이고 바로 학습에 집중할 수 있도록 했습니다. 주요 주제는 “Bioconductor를 이용한 공간 (전사)오믹스 및 마이크로바이옴 분석 조직화”, “새로운 Bioconductor 플랫폼에서 워크숍 작성 및 배포” 등이었으며, 재현 가능한 워크플로우와 생물학적 데이터 분석을 위한 언어 간 통합을 강조했습니다. 포스터 세션 EuroBioC2025 포스터 세션은 다중오믹스 통합, 분석 방법 벤치마크, AI 기반 마이크로바이옴 및 암 연구, 인터랙티브 시각화 도구 등 다양한 프로젝트를 선보였습니다. 참가자들은 간결한 포스터 피치를 통해 진행 중인 연구를 빠르게 파악하고, 세션 중 의미 있는 토론을 진행했습니다. Birds-of-a-Feather (BoF) 세션 이번 BoF 세션은 Bioconductor를 Nextflow 워크플로 매니저와 통합, 도구 간 상호운용성 향상, 개발자 온보딩 개선, 그리고 Bioconductor 교육 및 거버넌스의 미래를 형성하는 등 핵심 커뮤니티 주제에 대한 비공식적이며 협력적인 토론 공간을 제공했습니다. 인프라 및 도구 Zulip 2025년 6월, Bioconductor 커뮤니티 채팅은 Slack에서 Zulip