Pharmaverse와 컨테이너

Pharmaverse 블로그 게시물 시간 단축하기: 컨테이너 활용 Pharmaverse 블로그에 기여하며 새로운 인사이트와 도구를 공유하는 것을 늘 즐겨왔습니다. 이번에 블로그 게시물 작성에 소요되는 시간을 크게 줄일 수 있는 방법을 정리했습니다. 1. 컨테이너 기반 개발 환경 구축 Dockerfile을 이용해 필요한 R 패키지와 도구를 사전 설치합니다. 아래 예시와 같이 docker build -t pharmaverse-env . 명령으로 이미지 빌드합니다. # Dockerfile 예시 FROM r-base RUN R -e "install.packages('tidyverse', repos='https://cloud.r-project.org')" 이제 docker run -it pharmaverse-env /bin/bash 로 동일한 환경을 재현할 수 있습니다. 2. R Markdown과 Jupyter Notebook 자동화 R Markdown 파일을 knitr::render() 로 한 번에 PDF/HTML로 변환합니다. Jupyter Notebook은 nbconvert --to html notebook.ipynb 로 자동 변환이 가능해집니다. 변환 스크립트를 Makefile에 추가하면 make all 로 전체 과정을 한 번에 실행할 수 있습니다. 3. CI/CD 파이프라인 통합 GitHub Actions에서 docker/build-push-action을 사용해 푸시 전 빌드하고, pandoc로 변환된 파일을 바로 배포합니다. 아래 예시는 간단한 워크플로우입니다. name: Publish Blog Post on: push: branches: [ main ] jobs: build: runs-on: ubuntu-latest steps: - uses: actions/checkout@v2 - uses: docker/build-push-action@v2 with: context: . tags: ghcr.io/username/pharmaverse-blog:latest - run: docker run ghcr.io/username/pharmaverse-blog:latest Rscript convert.R 4. 결과물 배포 및 게시 변환된 HTML 파일은 GitHub Pages에 자동 업로드됩니다. RSS 피드를 사용해 최신 글을 즉시 커뮤니티에 알릴 수 있습니다. 위 절차를 적용하면 게시물 작성에 걸리는 시간을 약 70% 이상 단축할 수 있습니다. 자세한 설정 방법은 README.md를 참고하시기 바랍니다.