스탠포드 HIVdb 시퀀스와 변이 분석을 처음부터 재현하려는 시도

HIV 유전자형 해독: M184V, K65R의 의미를 찾아서 스탠포드 대학의 HIV 저항성 알고리즘을 처음부터 재구성하면서 M184V와 K65R이 실제로 무엇을 의미하는지 궁금하셨던 적이 있나요? 그 답을 찾기 위해 수많은 코드를 사용해 3줄짜리 도구와 일치시켰습니다. 비밀은 많았지만, 그 과정이 결국 값진 교훈을 주었습니다. 목표 HIV 참조 유전자 찾기 저항성 워크플로우 정의 번역 및 정렬 스탠포드의 Sierrapy 실험 1~5 단계 분석 최종 생각 개선 가능한 영역 찾기 배운 교훈 정리 HIV 참조 유전자 찾기 대부분의 검색 결과에서 참조 유전자는 HXB2라고 표시됩니다. pol 유전자는 프로테아제(PR), 역전사효소(RT), 인테그레이스(IN)를 암호화합니다. 아래 내용은 NCBI에서 가져온 직접 자료입니다. 다음과 같은 영역을 클릭하고 마우스를 올려놓으면 해당 영역이 무엇인지 확인할 수 있습니다. 모든 유전자가 특정 위치에 있다는 점을 유의하십시오. 따라서 참조(여기서는 HXB2)를 사용해 RT, PR, IN 세 유전자를 찾아서 추출하고 데이터베이스로 만드는 것이 핵심입니다. 일부 참조는 이 위치를 알려주지만, 우리 참조는 명확하지 않았습니다. 따라서 참조를 살펴보고 해당 위치를 찾아야 합니다. 필요한 R 패키지 로드 library(Biostrings) library(DECIPHER) library(tidyverse) ## 우리는 K03455(또는 HXB2)라는 참조를 포함한 HIV 게놈 다수의 파일을 다운로드했습니다. (all_hiv_genome)