simlandr: 동역학 시스템을 위한 시뮬레이션 기반 조경(Landscape) 구축

R용 simlandr 패키지는 몬테카를로 시뮬레이션을 사용하여 동역학 시스템의 잠재력 조경(potential landscape)을 구축하는 도구 세트를 제공합니다. 잠재력 조경은 시스템 상태의 안정성을 정량화하는 데 사용될 수 있습니다. 잠재력 함수의 정규 형식은 기울기 시스템(gradient system)에 대해 정의되지만, 일반화된 잠재력 함수는 비기울기 동역학 시스템(non-gradient dynamical system)에 대해서도 정의될 수 있습니다. 당사의 방법은 정상 상태 분포(steady-state distribution)로부터의 잠재력 조경 정의에 기반하며, 매우 다양한 모델에 사용될 수 있습니다. 시뮬레이션과 계산을 용이하게 하기 위해, 다양한 조건 하에서의 배치 시뮬레이션에 최적화된 데이터 구조, 통합된 해시 기반 파일 저장 시스템을 갖춘 메모리 외부(out-of-memory) 계산 도구, 그리고 최소 에너지 경로를 효율적으로 탐색하기 위한 알고리즘을 포함한 여러 새로운 기능을 도입했습니다. 다안정 세포 분화 모델(multistable cell differentiation model)을 예로 들어, simlandr을 모델 시뮬레이션, 조경 구축, 장벽 높이 계산에 사용하는 방법을 설명합니다. simlandr 패키지는 GPL-3 라이선스 하에 에서 이용 가능합니다.